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但好景不常，90年代末期，網路時代興起，一方面瓜分了娛樂市場，一方面也助長盜版歪風，漫畫市場逐漸凋零，有很長的一段時間，市面上只看得到國外的漫畫。
台灣成人漫畫同人創作社團三色坊編輯Haku回憶，「那時候國內市場都被日本漫畫取代，本土漫畫不只真空，甚至是惡名在外，有些本土漫畫家被迫取日本筆名，因為讀者會說他看到華人名字，看到三個字，就不想看了。」
台灣首位在日本發行18禁漫畫單行本的漫畫家猫依光說，90年代末期，大然出版社倒閉，漫畫家出走，留在國內的漫畫家不願再畫商業漫畫，另一方面，台灣漫畫文化又面臨文化入侵危機，被日本的ACG產品、同人誌取代，時至今日，市面上的漫畫九成以上都是日本漫畫，「現在要再彌補這段失落的十年，只能靠不斷創作，看幾十年後能不能再追回來。」
不過Haku認為，同人與商業兩個圈圈並非互相取代，反而能相輔相成、緊密結合，「同人作家自帶粉絲，有些出版社會去同人場挖角作家，協助出版同人作品，會有一定的銷量保證，另一方面，有些同人作家覺得自己找印刷廠、自己銷售，這些瑣事太麻煩，也會找出版社協助，出版社也可能另外再協助異業結合，發行公仔、周邊商品。也有可能是出版社先幫新人出同人誌，累積人氣候再轉商業發行，這些模式都有可能。」
尖端出版行銷業務部／數位行銷祖副理徐祺鈞說，網路世代來臨，對漫畫市場有好有壞，過去大家缺乏娛樂，只要有受歡迎的作品，銷量夠大，就足以養活漫畫家，現在光靠漫畫難以維生，漫畫家都變斜槓，白天還要工作，晚上或假日才能回歸漫畫本業。
專做同人動漫產品為主的買動漫總經理詹強也說，台灣優秀漫畫人才很多，但白天都在工作，可能隱身在遊戲公司擔任美術，下班後才開始創作，但這些優秀作者的同人作品，在同人場販售，都可以賣3、4千本，比起出版社銷售量毫不遜色，且現在印刷廠也接受小量印刷，創作者可以自行決定印幾本，不用擔心印太多滯銷的問題。
Haku也同意，有的創作者只想要印個十幾本，賣完就算了，以前的出版社不願接單，只接受大規模開版複印，現在印刷廠也改變模式，接受小量印刷，入行門檻大幅下降。
網路世代讓網紅不必出道就能變藝人，漫畫家也多了新的推廣媒介，可以先在網路上創作累積人氣，再決定是否創作更多作品，漫畫家的壓力也不再像過去那麼大。Haku說，台灣現在的一線漫畫家，8成到9成有同人經驗，「這世代漫畫家，絕對不能忽略同人。」
時代在變、科技在變。漫畫出版社d/art編輯Snow說，網路還有一個優勢，就是讓宣傳更容易。成人漫畫不太方便公開宣傳，出版社只會在新書發表時公告書訊，沒有人按讚分享也沒關係，粉絲自己會口耳相傳，好康逗相報。
徐祺鈞也笑說，以前買小本的成漫，在書店買書的時候結帳尷尬，要遮遮掩掩，買回家不知道放哪，可能藏在床下，或是把封面撕掉，這都是大家過去的回憶，但現在有了電子書，不用怕遇到店員，也沒什麼人會知道，「晚上夜深人靜不用看A片，直接上網購買，更方便解決需求。」
危機就是轉機。根據文化內容策進院出版的《2021台灣文化內容產業調查報告》，我國漫畫出版產業整體規模歷年發展趨勢，2015年總營業額曾高達12.6億元，之後逐年衰退，2018年剩10.26億元，2019年更跌破10億元大關，剩9.86億元，2020年繼續衰退，剩9.32億元。
但文策院的報告同樣也提到，2020 年電子漫畫出版種數為2712種，較2019年的1938 種成長 28.54%。此外，2020年僅241種電子漫畫為EP同步發行（電子、紙本同步發行），占全年度電子漫畫 8.89%，但電子限定者有705種，占全年度電子漫畫 26.00%，較 2019 年情況（6.71%）大幅成長。
隨著科技與媒介的轉變，漫畫產業工作者不斷投入與努力，也許我們有機會，重現當年台漫的黃金時期。
